A Capela dos Ossos foi construída no século XVII, por iniciativa de três frades franciscanos cujo objetivo era transmitir a mensagem da transitoriedade e fragilidade da vida humana. Esta mensagem é claramente passada aos visitantes logo à entrada, através do aviso: “Nós ossos que aqui estamos, pelos vossos esperamos”. Era um modelo então em voga, com a intenção de provocar pela imagem a reflexão sobre a transitoriedade da vida humana e o consequente compromisso de uma permanente vivência cristã. Tanto as paredes como os pilares estão revestidos de alguns milhares de ossos e crânios, provenientes dos espaços de enterramento ligados ao convento. Os frescos que decoram o tecto abobadado, datados de 1810, apresentam uma variedade de símbolos ilustrados por passagens bíblicas e outros com os instrumentos da Paixão de Cristo.
Mostra, no fundo, o macabro gosto do homem barroco pela necrofilia.
Esta capela de caveiras e ossos foi construída no local onde inicialmente era o dormitório e sala de reflexão dos frades. É formada por três naves de cerca de 18,70m de comprimento e 11m de largura. A luz natural entra estrategicamente nestas naves apenas por três pequenas frestas do lado esquerdo. As paredes da Capela dos Ossos e os oitos pilares que a constituem encontram-se revestidos com ossos e crânios humanos, cuidadosamente dispostos, ligados por cimento pardo. As abóbadas são de tijolo rebocado a branco e pintadas com motivos que simbolizam ou aludem à morte. Para além das ossadas, a Capela dos Ossos, está também decorada com estátuas de cariz religioso e uma pintura estilo renascentista e barroco.
As arcarias apresentam-se ornamentadas com filas de caveiras, cornijas e naves brancas. Calcula-se que sejam cerca de 5000 as caveiras humanas que ali se encontram, entre inúmeros ossos, provenientes das sepulturas da igreja do convento e de outras igrejas e cemitérios da cidade.
No século XVI existiam perto de quarenta e dois cemitérios monásticos na cidade, os quais ocupavam demasiado espaço. Em jeito de solução, aqueles monges extraíram os ossos do chão e utilizaram-nos para construir e “decorar” esta capela.