Il Palazzo Reale di Nossa Senhora da Ajuda fu costruito da D. José I (1714-1777) in cima alla collina di Ajuda. Questo edificio, costruito in legno per resistere meglio ai terremoti, divenne noto come Paço de Madeira o Real Barraca. Ha sostituito il sontuoso Paço da Ribeira che era stato distrutto dal terremoto che aveva devastato Lisbona nel novembre 1755.
Il nuovo Paço, abitabile dal 1761, divenne residenza della Corte per circa tre decenni. Nel 1794, durante il regno di D. Maria I (1734-1816), un incendio distrusse completamente questa casa reale e gran parte del suo prezioso contenuto.
Il progetto per la costruzione di un nuovo palazzo in pietra e calce, iniziò nel 1796 sotto la reggenza del principe reale D. João, ma fu sospeso dopo cinque anni di costruzione, quando, nel 1802, Francisco Xavier Fabri e José da Costa e Silva , architetti formati in Italia, ebbero il compito di adattarlo alla nuova tendenza neoclassica.
La partenza della Corte per il Brasile nel 1807, a seguito delle invasioni napoleoniche, e la periodica mancanza di risorse finanziarie non consentirono al progetto di proseguire con regolarità.
Gli scontri tra liberali e assolutisti precipitarono il Paese in una fragile stabilità e, nel 1833, la costruzione si fermò completamente. Dopo la vittoria liberale, D. Pedro assunse il governo come reggente, a causa della minore età di sua figlia, D. Maria da Glória, e giurò sulla lettera costituzionale nella Sala del trono del Palazzo da Ajuda, nel 1834.
Fu con l’ascesa al trono di D. Luís I (1838-1889) che iniziò una nuova fase, acquisendo finalmente la vera dimensione di palazzo reale quando fu scelto come residenza ufficiale della corte. I veri cambiamenti nella decorazione degli interni iniziarono nel 1862, anno delle nozze del re con la principessa di Savoia, D. Maria Pia (1847-1911). Successivamente, fu avviato un lungo lavoro di riformulazione che si è esteso a più livelli: dalle pareti ai soffitti – rivestiti, intonacati o nuovamente tinteggiati -, al rivestimento di pavimenti con parquet e tappeti, alla scelta dei mobili per le stanze. Tutto ordinato da case specializzate, portoghesi o straniere, che rifornivano la Casa Real. I regali di nozze e le merci portate dall’Italia dalla regina hanno contribuito a decorare gli appartamenti ristrutturati.
Gli spazi ora dovevano essere più intimi e protetti. Sono state aggiunte nuove stanze al piano terra: la Sala da pranzo, per i pasti quotidiani in famiglia, un soggiorno – la Sala Blu – e le aree per il tempo libero, come la Sala dei Marmi e la Sala Biliardo; infine bagni con acqua corrente, calda e fredda. Il piano nobile era riservato ai ricevimenti di gala e il piano terra, dalla Sala della Musica e lungo la facciata ovest, destinato ad ambienti privati. Il Palazzo divenne il palcoscenico delle riunioni del Consiglio di Stato, dei giorni di gran galà – banchetti e ricevimenti ufficiali – e di vita familiare: qui nacquero i principi D. Carlos (1863-1908) e D. Afonso (1865) -1920).
Dopo la morte di D. Luís I, nel 1889, la vita frenetica del Palácio da Ajuda cambiò profondamente. Nel nuovo regno, la Corte fu divisa tra tre Paços: Ajuda, dove D. Maria Pia rimase con D. Afonso; Belém – dove nacquero i principi D. Luís Filipe (1887-1908) e D. Manuel (1889-1932) – e Necessidades, residenze alternative di D. Carlos I e D. Amélia (1865-1951). Il primo piano di Ajuda era riservato alle cerimonie ufficiali.
Nel 1910, quando fu istituita la Repubblica e successivamente la famiglia reale fu esiliata, il Palazzo fu chiuso.
Nel 2007 il Palazzo, insieme agli altri palazzi nazionali, è entrato a far parte del gruppo di proprietà sotto la supervisione dell’Istituto dei Musei e della Conservazione.
Oggi è teatro delle cerimonie protocollari di rappresentanza dello Stato.