La chapelle des os a été construite au XVIIe siècle, à l’initiative de trois frères franciscains dont le but était de transmettre le message de la fugacité et de la fragilité de la vie humaine. Ce message est clairement transmis aux visiteurs à l’entrée, à travers l’avertissement: « Nous osons que nous sommes là, pour le vôtre nous attendons ». C’était un modèle en vogue à l’époque, avec l’intention de provoquer à travers l’image la réflexion sur la fugacité de la vie humaine et l’engagement qui en découle pour une expérience chrétienne permanente. Les murs et les piliers sont recouverts de quelques milliers d’ossements et de crânes, issus des espaces funéraires reliés au couvent. Les fresques qui ornent le plafond voûté, datant de 1810, présentent une variété de symboles illustrés par des passages bibliques et d’autres avec les instruments de la Passion du Christ.
Au fond, il montre le goût macabre de l’homme baroque pour la nécrophilie.
Cette chapelle de crânes et d’os a été construite à l’endroit où se trouvaient à l’origine le dortoir et la salle de réflexion des frères. Il est formé de trois nefs d’environ 18,70m de long et 11m de large. La lumière naturelle pénètre stratégiquement dans ces navires par seulement trois petites fissures sur le côté gauche. Les murs de la chapelle des os et les huit piliers qui la composent sont tapissés d’os et de crânes humains, soigneusement disposés, reliés par du ciment brun. Les voûtes sont faites de briques enduites de blanc et peintes de motifs qui symbolisent ou font allusion à la mort. Outre les ossements, la chapelle des ossements est également décorée de statues à caractère religieux et d’un tableau de style Renaissance et baroque.
Les arcades sont ornées de rangées de crânes, de corniches et de nefs blanches. On estime qu’il y a environ 5000 crânes humains qui y sont trouvés, parmi d’innombrables ossements, provenant des tombes de l’église du couvent et d’autres églises et cimetières de la ville.
Au XVIe siècle, il y avait près de quarante-deux cimetières monastiques dans la ville, ce qui prenait trop de place. Comme solution, ces moines ont extrait les os du sol et les ont utilisés pour construire et «décorer» cette chapelle.