Le Palais Royal de Nossa Senhora da Ajuda a été construit par D. José I (1714-1777) au sommet de la colline d’Ajuda. Ce bâtiment, construit en bois pour mieux résister aux tremblements de terre, est devenu connu sous le nom de Paço de Madeira ou Real Barraca. Il a remplacé le somptueux Paço da Ribeira qui avait été détruit lors du tremblement de terre qui a dévasté Lisbonne en novembre 1755.
Le nouveau Paço, habitable depuis 1761, est devenu la résidence de la Cour pendant environ trois décennies. En 1794, sous le règne de D. Maria I (1734-1816), un incendie détruisit complètement cette maison royale et une grande partie de son précieux contenu.
Le projet de construction d’un nouveau palais de pierre et de chaux, commencé en 1796 sous la régence du prince royal D. João, mais a été suspendu après cinq ans de construction, lorsque, en 1802, Francisco Xavier Fabri et José da Costa e Silva , architectes formés en Italie, ils ont été chargés de l’adapter à la nouvelle tendance néoclassique.
Le départ de la Cour pour le Brésil en 1807, à la suite des invasions napoléoniennes, et le manque périodique de ressources financières n’ont pas permis au projet de se poursuivre sur une base régulière.
Les affrontements entre libéraux et absolutistes plongent le pays dans une stabilité fragile et, en 1833, la construction s’arrête complètement. Après la victoire libérale, D. Pedro a assumé le gouvernement comme régent, dans la minorité de sa fille, D. Maria da Glória, et a prêté serment de la lettre constitutionnelle dans la salle du trône de Paço da Ajuda, en 1834.
C’est avec l’accession au trône de D. Luís I (1838-1889), qu’une nouvelle étape a commencé, acquérant finalement la vraie dimension de palais royal lorsqu’il a été choisi pour la résidence officielle de la cour. Les véritables changements dans la décoration des intérieurs commencent en 1862, année du mariage du roi avec la princesse de Savoie, D. Maria Pia (1847-1911). Puis, un long travail de reformulation a été initié qui s’est étendu à plusieurs niveaux: des murs aux plafonds – doublés, enduits ou peints à nouveau -, au revêtement des sols avec parquets et moquettes, au choix du mobilier des pièces. Tout est commandé à des maisons spécialisées, portugaises ou étrangères, qui approvisionnent Casa Real. Les cadeaux de mariage et les produits apportés d’Italie par la reine ont contribué à décorer les appartements rénovés.
Les espaces se voulaient désormais plus intimes et protégés. De nouvelles salles ont été ajoutées au rez-de-chaussée: la salle à manger, pour les repas quotidiens en famille, un salon – la salle bleue – et des espaces de loisirs, comme la salle de marbre et la salle de billard; enfin, salles de bains avec eau courante, chaude et froide. L’étage noble était réservé aux réceptions de gala et le rez-de-chaussée, depuis la salle de musique et le long de la façade ouest, destiné aux salons privés. Le Palais devint le théâtre des réunions du Conseil d’État, des jours de grand gala – banquets et réceptions officielles – et de la vie de famille: ici sont nés les princes D. Carlos (1863-1908) et D. Afonso (1865) -1920).
Après la mort de D. Luís I, en 1889, la vie trépidante du Palácio da Ajuda a profondément changé. Sous le nouveau règne, la Cour a été divisée entre trois Paços: Ajuda, où D. Maria Pia est restée avec D. Afonso; Belém – où sont nés les princes D. Luís Filipe (1887-1908) et D. Manuel (1889-1932) – et Necessidades, résidences alternatives de D. Carlos I et D. Amélia (1865-1951). Le premier étage d’Ajuda était réservé aux cérémonies officielles.
En 1910, lorsque la République a été établie et que la famille royale a ensuite été exilée, le palais a été fermé.
En 2007, le palais, avec les autres palais nationaux, est devenu une partie du groupe de propriétés sous la supervision de l’Institut des musées et de la conservation.
Aujourd’hui, c’est le théâtre des cérémonies protocolaires de représentation de l’Etat.