Die Kapelle der Knochen wurde im 17. Jahrhundert auf Initiative von drei Franziskanermönchen erbaut, deren Ziel es war, die Botschaft der Vergänglichkeit und Zerbrechlichkeit des menschlichen Lebens zu vermitteln. Diese Nachricht wird den Besuchern am Eingang durch die Warnung deutlich weitergegeben: „Wir Knochen, die hier sind, auf Ihre warten wir“. Es war zu dieser Zeit ein angesagtes Modell mit der Absicht, durch das Bild die Reflexion über die Vergänglichkeit des menschlichen Lebens und das daraus resultierende Engagement für eine dauerhafte christliche Erfahrung zu provozieren. Sowohl die Wände als auch die Säulen sind mit einigen tausend Knochen und Schädeln aus den mit dem Kloster verbundenen Grabstätten bedeckt. Die Fresken, die die Gewölbedecke aus dem Jahr 1810 schmücken, weisen eine Vielzahl von Symbolen auf, die durch Bibelstellen und andere mit den Instrumenten der Passion Christi illustriert werden.
Tief im Inneren zeigt es den makabren Geschmack des Barockmannes für Nekrophilie.
Diese Kapelle aus Schädeln und Knochen wurde an der Stelle errichtet, an der sich ursprünglich der Schlafsaal und der Reflexionsraum der Brüder befanden. Es wird von drei Schiffen gebildet, die ungefähr 18,70 m lang und 11 m breit sind. Natürliches Licht tritt strategisch strategisch durch nur drei kleine Risse auf der linken Seite in diese Schiffe ein. Die Wände der Kapelle der Knochen und die acht Säulen, aus denen sie besteht, sind mit menschlichen Knochen und Schädeln ausgekleidet, die sorgfältig angeordnet und durch braunen Zement verbunden sind. Die Gewölbe bestehen aus weiß verputzten Ziegeln und sind mit Motiven bemalt, die den Tod symbolisieren oder auf ihn hinweisen. Neben den Knochen ist die Kapelle der Knochen auch mit Statuen religiöser Natur und einem Gemälde im Renaissance- und Barockstil geschmückt.
Die Bögen sind mit Schädelreihen, Gesimsen und weißen Schiffen verziert. Es wird geschätzt, dass dort unter unzähligen Knochen etwa 5000 menschliche Schädel aus den Gräbern der Klosterkirche und anderer Kirchen und Friedhöfe in der Stadt gefunden werden.
Im 16. Jahrhundert gab es in der Stadt fast zweiundvierzig Klosterfriedhöfe, die zu viel Platz in Anspruch nahmen. Als Lösung zogen diese Mönche die Knochen aus dem Boden und verwendeten sie, um diese Kapelle zu bauen und zu „dekorieren“.