Der königliche Palast von Nossa Senhora da Ajuda wurde von D. José I (1714-1777) auf der Spitze des Ajuda-Hügels erbaut. Dieses Gebäude, das aus Holz gebaut wurde, um Erdbeben besser zu widerstehen, wurde als Paço de Madeira oder Real Barraca bekannt. Es ersetzte den prächtigen Paço da Ribeira, der bei dem Erdbeben in Lissabon im November 1755 zerstört worden war.
Der neue Paço, der seit 1761 bewohnbar ist, wurde für etwa drei Jahrzehnte zum Wohnsitz des Hofes. 1794, während der Regierungszeit von D. Maria I. (1734-1816), zerstörte ein Feuer dieses königliche Haus und einen Großteil seines wertvollen Inhalts vollständig.
Das Projekt für den Bau eines neuen Stein- und Kalkpalastes begann 1796 unter der Regentschaft des königlichen Prinzen D. João, wurde jedoch nach fünfjähriger Bauzeit ausgesetzt, als Francisco Xavier Fabri und José da Costa e Silva 1802 Die in Italien ausgebildeten Architekten wurden beauftragt, sie an den neuen neoklassizistischen Trend anzupassen.
Die Abreise des Hofes nach Brasilien im Jahr 1807 nach den Invasionen Napoleons und der periodische Mangel an finanziellen Mitteln ermöglichten es dem Projekt nicht, regelmäßig fortzufahren.
Die Zusammenstöße zwischen Liberalen und Absolutisten versetzten das Land in fragile Stabilität und 1833 kam der Bau zum Erliegen. Nach dem liberalen Sieg übernahm D. Pedro die Regierung als Regent in der Minderheit seiner Tochter D. Maria da Glória und schwor 1834 den Verfassungsbrief im Thronsaal von Paço da Ajuda.
Mit der Thronbesteigung von D. Luís I. (1838-1889) begann eine neue Etappe, die schließlich die wahre Dimension des königlichen Palastes erlangte, als sie für die offizielle Residenz des Hofes ausgewählt wurde. Die wirklichen Veränderungen in der Dekoration der Innenräume begannen 1862, dem Jahr der Hochzeit des Königs mit der Prinzessin von Savoyen, D. Maria Pia (1847-1911). Dann wurde eine lange Umformulierungsarbeit eingeleitet, die sich auf mehrere Ebenen erstreckte: von Wänden bis zu Decken – ausgekleidet, verputzt oder neu gestrichen -, über das Bedecken von Fußböden mit Parketten und Teppichen bis hin zur Auswahl der Möbel für die Räume. Alles, was bei portugiesischen oder ausländischen Fachhäusern bestellt wurde, die Casa Real beliefern. Die Hochzeitsgeschenke und Waren, die die Königin aus Italien mitbrachte, trugen zur Dekoration der renovierten Apartments bei.
Die Räume sollten nun intimer und geschützter sein. Im Erdgeschoss wurden neue Räume hinzugefügt: der Speisesaal für tägliche Familienessen, ein Wohnzimmer – das Blaue Zimmer – und Freizeitbereiche wie der Marmorraum und der Billardraum; Endlich Badezimmer mit fließendem Wasser, heiß und kalt. Das edle Stockwerk war für Galaempfänge reserviert und das Erdgeschoss vom Musikzimmer und entlang der Westfassade für private Räume. Der Palast wurde zur Bühne für die Sitzungen des Staatsrates, der Tage der großen Gala – Bankette und offizielle Empfänge – und des Familienlebens: Hier wurden die Fürsten D. Carlos (1863-1908) und D. Afonso (1865) geboren -1920).
Nach dem Tod von D. Luís I. im Jahr 1889 veränderte sich das hektische Leben des Palácio da Ajuda grundlegend. In der neuen Regierungszeit wurde der Gerichtshof auf drei Paços aufgeteilt: Ajuda, wo D. Maria Pia bei D. Afonso blieb; Belém – wo die Prinzen D. Luís Filipe (1887-1908) und D. Manuel (1889-1932) geboren wurden – und Necessidades, alternative Residenzen von D. Carlos I und D. Amélia (1865-1951). Das Hauptgeschoss von Ajuda war für offizielle Zeremonien reserviert.
1910, als die Republik gegründet und die königliche Familie anschließend ins Exil geschickt wurde, wurde der Palast geschlossen.
Im Jahr 2007 wurde der Palast zusammen mit den anderen nationalen Palästen Teil der Gruppe von Immobilien unter der Aufsicht des Instituts für Museen und Naturschutz.
Heute ist es Schauplatz der Protokollzeremonien der staatlichen Vertretung.